EMTAKi struktuur on hierarhilise ülesehitusega ning viietasemeline. Tegevusala määramisel kasutatakse ülalt alla meetodit, s.t tegevusala määramist alustatakse kõrgeimast tasemest, liikudes madalaima tasemeni.

Samuti saab EMTAKist kontrollida, kas valitud tegevusala kuulub erinõuetega tegevusalade hulka.