Füüsilisest isikust ettevõtja kustutatakse äriregistrist tema avaldusel või seaduses sätestatud muul alusel. Kui füüsilisest isikust ettevõtja peab olema vastavalt seadusele registrisse kantud, siis teda registrist ei kustutata.
Kui FIE ei vasta enam ettevõtja mõistele ÄS § 1 tähenduses ja ei ole oma tegevuse peatamisest või lõpetamisest registripidajale teatanud, kustutab registripidaja FIE ÄS § 59 lg 3(2) alusel.
Kohus võib kohaldada ettevõtja poolt toime pandud süüteo karistusena ettevõtluskeeldu. Kohtuotsuse alusel, millega ettevõtluskeeldu kohaldati, kustutab registripidaja FIE kohe registrist.
Ettevõtluse lõppemine FIE surma korral
FIE surma korral loetakse ettevõtlus lõppenuks, kui keegi FIE ettevõtlust ei jätka. Ettevõtja maksukohustused ja vara lähevad pärimisseaduse alusel üle pärijatele. Kui pärijad pärandusest loobuvad, siis pärandaja ettevõtlusega seotud varad ja kohustused nendele edasi ei kandu. Loobumisest teatamata jätmisel loetakse pärand igal juhul pärijate poolt vastuvõetuks.
Kui päritavale varale tehakse inventuur, siis vabaneb pärija pärandaja võlgade tasumise kohustusest oma vara arvel. Sellisel juhul tuleb võlgade olemasolul neid tasuda vaid pärandvara väärtuse piires. Päranduse saajatel tuleb tasuda pärandaja poolt deklareeritud ja temale määratud maksusummad.
Ettevõtlustegevuse jätkamine FIE surma korral
Kui päranduse saaja otsustab ettevõtlustegevust jätkata, tuleb pärijal registreerida end uue ettevõtjana äriregistris ning käibemaksukohustusluse korral Maksu- ja Tolliametis pärandaja esimese surmakuu jooksul. Äriregistris muudetakse ettevõtte omanikku, ärinime ja muid vajalikke andmeid. Pärandaja surma kalendrikuu esimese kuupäeva seisuga koostatakse algbilanss.
Uus ettevõtja jätkab tegevust sama ettevõtte, registrinumbri, vara (raha, nõuded, tehnika, loomad jne) ning kohustustega (laen, liising, tööjõud jne), mis on nüüd pärija vastutusel. Pärandaja surmakuu ja järgnevate kalendrikuude eest tuleb esitada maksudeklaratsioonid ( v.a käibedeklaratsioon) juba ettevõtluse jätkaja nimel. Samuti tuleb ettevõtlust jätkaval pärijal deklareerida pärandaja nimel ettevõtlustulu nende kalendrikuude eest, millal pärija oli elus, kuid deklareerimistähtaeg polnud veel saabunud.