Tavaolukorras kontrollib pädev asutus 2 kuu jooksul alates taotluse kättesaamisest, kas taotlus on täielik, ja teavitab sellest taotlejat. Vajaduse korral teavitatakse taotlejat puudustest või lisadokumentide esitamise vajadusest. Juhul kui esineb puudusi, tuleb ettevõttel need likvideerida 6 kuu jooksul alates teavituse saamisest. Sisuline hindamine algab alles pärast täieliku taotluse esitamist. Kui ettevõte ei esita puuduvat teavet või materjale ettenähtud tähtaja jooksul, on pädeval asutusel õigus taotlus tagasi lükata.

Hindamise üldine kestus sõltub lisaks pädeva asutuse töömahule ka ettevõtte enda panusest, eeskätt sellest, kui kiiresti taotleja esitab täiendavad dokumendid, parandab puudused või reageerib lisaküsimustele. Praktikas püüab pädev asutus sisuliste menetluste osas jääda 6 kuu piiridesse, kuid lõplik menetlusaeg sõltub iga ettevõtte valmidusest ja taotluse sisust.

Kui taotlus on korrektselt esitatud, kõik puudused kõrvaldatud ning pädev asutus on saanud teostada sisulise kontrolli ja hinnanud, et toode või teenus vastab ELi ökomärgise kriteeriumidele, väljastatakse otsus ning omistatakse ELi ökomärgise registreerimisnumber. 
Seejärel koostab Keskkonnaagentuur märgise kasutamise lepingu koos lisadega ja edastab selle taotlejale allkirjastamiseks. 

Pärast lepingu sõlmimist väljastatakse sertifikaat ning toode või teenus kantakse ELi ökomärgise e‑kataloogi (ECAT), mis kinnitab märgise ametliku kehtivuse ja nähtavuse.

Euroopa Parlamendi ja Nõukogu määrus nr 66/2010 ELi ökomärgise kohta

Komisjoni määrus (EL) nr 782/2013, millega muudetakse ELi ökomärgist käsitleva Euroopa Parlamendi ja nõukogu määruse (EL) nr 66/2010 III lisa 

Keskkonnamõju hindamise ja keskkonnajuhtimissüsteemi seadus

Kliimaministeerium

Keskkonnaagentuur

Euroopa Komisjon