Enne taotluse koostamist oluline veenduda, et toode või teenus kuulub mõnda ELi ökomärgisega kaetud tooterühma ning et sellele on kehtestatud kriteeriumid. Taotluse koostamine algab sellest, et ettevõte hindab põhjalikult oma toote või teenuse vastavust ELi ökomärgise kriteeriumidele. 

Enne taotlusvormi täitmist tuleb tutvuda tooterühmade kaupa kehtestatud nõuetega ning koondada vajalikud tõendusmaterjalid, sealhulgas teha vajalikud katsed, koguda tehnilised dokumendid ja tarnijate deklaratsioonid. 

Taotluse ettevalmistamisel on abiks nii Euroopa Komisjoni tooterühmade juhendid ja teabelehed kui ka Keskkonnaagentuuri spetsialistid, kelle poole saab pöörduda nõu saamiseks ja lisaküsimuste korral. 

Soovi korral on võimalik kasutada ka Keskkonnainvesteeringute Keskuse toetust, mis aitab katta erinevaid ELi ökomärgise taotlemisega seotud kulusid, näiteks nõustamist, ettevalmistavaid tegevusi, laborites testimisi jne.