ELi ökomärgise taotlemisega kaasneb nii riigilõiv kui ka ettevõttesisesed kulud, mis sõltuvad ettevõtte suurusest, tooterühmast ja toodete eripäradest. Lisaks taotluse menetlemise tasule tuleb arvestada ka testimise, kontrollimise, töötajate tööaja ning võimalike tootmis- või koostise muudatustega seotud kuludega. 

Oluline on seejuures märkida, et ELi ökomärgist on võimalik taotleda Eestis ning võrreldes teiste I tüüpi ökomärgistega on üldjuhul soodsam nii taotlemise kui ka kasutamise kulude poolest. See muudab märgise ettevõtete jaoks kättesaadavamaks ning võib olla otsustamisel märkimisväärne soodustav tegur.

Järgnevalt on koondatud ülevaade ELi ökomärgise taotlemise ja kasutamisega seotud kuludest ning võimalikest toetusvõimalustest, mis aitavad ettevõttel märgise taotlemist planeerida ja kulusid hinnata.