Научная работа ведется при университетах и других вузах, в подчиняющихся государству исследовательских центах и институтах, а также в частноправовых научно-исследовательских учреждениях. Важное место занимает сотрудничество с другими институтами, ведущими научную работу, по всему миру.
Государство на высоком уровне поддерживает научно-исследовательскую деятельность. Для получения субсидии на научно-исследовательскую деятельность учреждение должно иметь положительную оценку (аттестовано) как минимум в одной сфере деятельности.
Академия наук Эстонии
Академия наук Эстонии – объединение ученых, задачей которого является развитие и представительство эстонской науки и помощь в прикладном использовании научных результатов для общего повышения качества жизни. Академия дает независимые экспертные оценки и профессиональные рекомендации, участвует в подготовке законодательных актов, касающихся научно-исследовательской деятельности и координирует научную работу в Эстонии и на международном уровне.
Целевое учреждение Эстонское научное агентство
Эстонское научное агентство (ETAg) – это входящее в сферу управления Министерства образования и науки целевое учреждение, которое основано в интересах общественности в целях реализации государственной политики в области науки. ETAg является партнером ученых, научных и образовательных учреждений, предпринимателей и государства.
Эстонская научная инфосистема
Эстонская научная инфосистема (ETIS) объединяет информацию о научно-исследовательских учреждениях, ученых, научных проектах и результатах различной научной деятельности. ETIS также является средой для подачи различных ходатайств, рассмотрения ходатайств и утверждения ходатайств и отчетов о проектах.
Международное сотрудничество в области науки
Международное сотрудничество в области науки координирует Министерство образования и науки исключительно на государственном уровне. Результатом этого становятся международные договоры в сфере научно-исследовательской деятельности.
На уровне ученых и учреждений международное сотрудничество координирует Эстонский академический фонд зарубежного обмена, работающий при Академии наук Эстонии. Финансировать международное сотрудничество в области науки можно в рамках научных тем целевого финансирования или в рамках пособий Эстонского научного фонда.
ЦУ Эстонское научное агентство представляет Эстонию в международных организациях, координирует участие в программах сотрудничества и поддерживает международное сотрудничество с помощью консультаций и финансирования.