Высшее военное образование можно получить в Тарту в Эстонском национальном колледже обороны (KVA) в рамках прикладного высшего обучения (основной курс) и обучения на степень магистра (курс средней ступени).
В рамках прикладного высшего обучения можно изучать военное управление в области сухопутных, военно-воздушных и военно-морских сил. Номинальный срок обучения составляет три года, а объем учебной программы - 180 EAP. Обучение по специальности "Военно-воздушные силы" осуществляется совместно с Эстонской авиационной академией, а "Военно-морские силы" - совместно с Эстонской морской академией Таллиннского технического университета.
В ходе обучения студенты учатся управлять небольшими подразделениями, изучают необходимые для их боеспособности боевые установки, а также учатся организовывать совместную работу между подразделениями.
Обучение на основном курсе в KVA бесплатное. Также кадетам предоставляется бесплатное проживание в Тарту и форма, предусмотренная для действующих военнослужащих. Между кадетами, принятыми в KVA, и Вооруженными силами заключаются договоры о действительной военной службе, и кадеты получают ежемесячную плату за обучение.
Кадеты, закончившие основной курс, получают степень бакалавра по военной науке, а также звание младшего лейтенанта.
После нескольких лет успешной службы в Вооруженных силах можно продолжить обучение на двухлетнем курсе средней ступени в KVA на степень магистра, где студенты получают знания, необходимые для службы в штабе батальона и бригады. Выпускники получают степень магистра по военной науке.
Аналогично основному курсу, на курсе средней ступени обучение для действующих военнослужащих также является бесплатным, и в ходе обучения учащиеся по-прежнему числятся на действительной службе в Вооруженных силах.