Сохранение регистрации EMAS означает последовательное функционирование системы экологического менеджмента организации и соответствие требованиям в течение всего срока действия регистрации. Для этого необходимо регулярно проводить требуемые аудиты, обновлять экологический отчет и утверждать его в компетентном органе. Регистрацию необходимо продлевать в соответствии с действующим циклом, а для малых и средних предприятий могут действовать более гибкие условия промежуточной отчетности.