EMASi registreeringu hoidmine tähendab organisatsiooni keskkonnajuhtimissüsteemi järjepidevat toimimist ja nõuetele vastavust kogu registreeringu kehtivusaja jooksul. Selleks tuleb regulaarselt läbi viia vajalikud auditid, uuendada keskkonnaaruannet ning kinnitada see pädeva asutuse poolt. Registreeringut tuleb pikendada vastavalt kehtivale tsüklile ning väikese ja keskmise suurusega ettevõtete puhul võivad kehtida paindlikumad vahearuandluse tingimused.