EMASi registreering kehtib üksnes siis, kui organisatsioon järgib määruse nõudeid ja esitab vajalikud dokumendid õigeaegselt. EMASi registreering võidakse peatada või organisatsioon registrist kustutada, kui ta ei täida EMASi määruses sätestatud nõudeid, ei esita nõutud dokumente õigel ajal või rikub keskkonnaõigusakte. Enne lõpliku otsuse tegemist annab pädev asutus organisatsioonile võimaluse puudused kõrvaldada, ning registreering taastatakse juhul, kui vastavus nõuetele on uuesti tõendatud.