Keskkonnajuhtimissüsteemi loomine on EMASi rakendamise keskne etapp, kus esialgse keskkonnaülevaate tulemused viiakse üle toimivateks protsessideks, rollideks ja töökorralduseks. Selle eesmärk on lõimida keskkonnajuhtimine organisatsiooni igapäevastesse tegevustesse, et keskkonnaeesmärke tõhusalt saavutada, tagada õigusnõuete täitmine ning luua selged alused pidevaks parendamiseks.