Pärast tõendamisauditi edukat läbimist saab organisatsioon esitada EMASi registreerimistaotluse koos nõutud dokumentidega pädevale asutusele. Registreerimise käigus kontrollitakse dokumentide õigsust ja vastavust ning positiivse otsuse korral väljastatakse organisatsioonile EMASi tunnistus ja registreerimisnumber.