Üldjuhul õpib laps eakaaslastega samas klassis. Mõjuval põhjusel ja lapsevanemaga koostöös võib lapse panna ka aasta nooremasse või vanemasse klassi.

Sobiva klassi otsustab kool õpilase vastuvõtmisel, arvestades õpilase vanust ja seni omandatud haridust.

Euroopa koolist tulnud õpilase puhul arvestatakse Euroopa koolide põhikirja konventsioonis sätestatut. Õpilane asub õppima selles klassis, mis vastab Euroopa kooli klassile, kus ta õpingud katkestas.

Välisriigist tulnud õpilasele koostatakse vajadusel individuaalne õppekava, lähtudes eelnevast õpikogemusest ja arvestades kooli õppekava. Kool vaatab vähemalt korra õppeaasta jooksul individuaalse õppekava üle ning korrigeerib seda vastavalt vajadusele. Kool vastutab õpilase arengu eest, kaasates lapsevanemaid, piirkonna noorsootööasutusi, vabaühendusi ja rahvusvähemuste huvikoole.

Tavaliselt on õpilane oma põhiklassiga koos võõrkeeletundides, ent ka matemaatika ning oskusainete tundides (muusika, kunstiõpetus, kehaline kasvatus, käsitöö, tööõpetus). Teiste tundide ajal on laps kas koos abiõpetajaga, kes teda koolitöös iseseisvalt hakkama saamiseks ette valmistab, või eesti keele tunnis või kohanemisklassis.

Individuaalse õppekavaga saab erisusi teha ka keeleõppes, võimaldades õpilasel arvestada tema emakeelt kooli õppekavas ette nähtud teise võõrkeele ehk B-võõrkeelena. Sellisel juhul ei pea õpilane soovi korral eraldi B-võõrkeelt õppima ning selle asemel on võimalik taotleda lisaks eesti keele tunde.

Õpilasele, kes on Eestis õppinud vähem kui kolm õppeaastat, tehakse vajadusel põhikooli lõpetamisel erand, mis võimaldab tal sooritada eesti keele või eesti keele teise keelena eksami temale koostatud individuaalse õppekava põhjal ettevalmistatud koolieksamina.