Регистрация EMAS действует только в том случае, если организация соблюдает требования регламента и своевременно представляет необходимые документы. Регистрация EMAS может быть приостановлена или организация может быть исключена из реестра, если она не выполняет требования, установленные в Регламенте EMAS, не представляет требуемые документы в срок или нарушает экологические правовые акты. До принятия окончательного решения компетентный орган дает организации возможность устранить недостатки, и регистрация восстанавливается в случае, если соответствие требованиям вновь подтверждено.