Создание системы экологического менеджмента является центральным этапом внедрения EMAS, на котором результаты предварительного экологического обзора переводятся в действующие процессы, роли и организацию труда. Ее цель — интегрировать экологический менеджмент в повседневную деятельность организации для эффективного достижения экологических целей, обеспечения выполнения правовых требований и создания четких основ для постоянного улучшения.