Внутренний аудит и анализ со стороны руководства являются обязательными частями EMAS, цель которых — оценить, функционирует ли система экологического менеджмента так, как запланировано, и выполняются ли цели. Внутренний аудит дает представление о сильных сторонах системы и областях для улучшения, а анализ со стороны руководства подтверждает, что руководство предприятия постоянно держит экологический менеджмент в центре внимания.